2015 год. Токио‑3 живёт под постоянной угрозой: после катастрофического Второго удара мир едва оправился, а теперь на него обрушиваются таинственные Ангелы — существа, против которых обычное оружие бессильно. Единственная надежда человечества — гигантские биомеханические машины «Евангелион», управлять которыми способны лишь избранные подростки.
Синдзи Икари приезжает в город по приглашению отца, главы организации NERV, но их встреча происходит в самый неподходящий момент: Токио‑3 атакован. Синдзи спасает капитан Мисато Кацураги и приводит в подземный комплекс, где юноша узнаёт, что его ждёт не разговор, а приказ — сесть в Евангелион и выйти против Ангела. Он ещё не понимает, что этот шаг навсегда изменит его жизнь и втянет в борьбу, масштабы которой он даже не способен представить